Van Werkhoven werd opgepakt op 14 augustus 1944 door de Arbeidscontroledienst, toen hij in een logement aan de Veerstraat in Wageningen verbleef  als koopman in waren. Via Arnhem werd hij naar Kamp Amersfoort gebracht en vandaar op 10 sept'44 naar het concentratiekamp Neuengamme als  gevangene nr. 49660. In september 1944 werd als Aussenlager van het concentratiekamp Neuengamme het kamp Husum-Schwesing ingericht voor de aanleg van de Friesenwall, een Duitse verdedigingslinie tegen een mogelijke geallieerde invasie op de Noordzeekust. Van Werkhoven( Häftling 49660) kwam er ook terecht. Door de lange werkdagen van tien tot twaalf uren in erbarmelijke omstandigheden zijn veel gevangenen om het leven gekomen, onder wie ook veel Nederlanders zoals ook Van Werkhoven op 4 nov.'44. Eind december 1944 werden de werkzaamheden gestaakt omdat het verloop van de oorlog verdere aanleg van de Friesenwall zinloos maakte. De overlevenden werden terug gebracht naar Neuengamme. Van Werkhoven was toen al overleden. 

Bronnen: Gevangene in Neuengamme, zie J. Schuyf ; OGS met foto van grafsteen; www.wageningen1940-1945.nl ; Totenbuch Konzentrationslager Neuengamme; www.wikipedia.de onder KZ Husum-Schwesing; e-mail Edwin Vrielink 7 febr. 2018; https://monumment.vriendenkringneuengamme.nl